L'appellation "Correspondance ecclésiastique", qui apparaît à la fin du XIXe siècle, vient de ce que le noyau primitif de cet ensemble (Ms. fr. 401-440) contient essentiellement les lettres envoyées à la Compagnie des Pasteurs par les autres Eglises réformées, de Suisse et de l'étranger. Ces lettres sont en latin ou en français. Les lettres conservées sous les cotes Ms. lat. 106-120 et Ms. fr 194-197 relevaient peut-être elles aussi de la Compagnie des Pasteurs du temps des Réformateurs, mais ont été séparées de sa correspondance au XVIIIe siècle.
Le renouvellement hebdomadaire de la Modérature à partir de 1580 a causé de nombreuses pertes de lettres (cf. Auguste Bouvier et Henri Heyer, bibliothécaires-archivistes de la Compagnie à la fin du XIXe siècle, "Catalogue de la bibliothèque appartenant à la Compagnie des Pasteurs", Genève, 1896, p. XIII-XIV), les lettres ayant parfois été intégrées aux archives privées des modérateurs.
Au-delà de cette correspondance, l'ensemble appelé "Correspondance ecclésiastique" contient divers documents qui ne sont pas de la correspondance et qui pour certains n'ont pas de lien organique avec la Compagnie des Pasteurs, par exemple la copie conforme de l'Edit de Nantes (cotée Ms. fr. 413, f. 1-40, qui figure dans un « Etat des papiers remis à la Bibliothèque le 22 juin 1709 »).
L'ordre actuel des documents dans les volumes Ms. fr. 401-440 résulte de la succession de plusieurs classements chronologiques effectués du XVIIIe au début du XXe siècle :
- au début du XVIIIe siècle, le pasteur Samuel Turrettini a "mis en ordre et rangé selon l'ordre des dates" les lettres des Réformateurs (cf. Arch. BPU, Registre de la Direction, H1, p. 128, 28 juillet 1724 ; Eusèbe-Henri Gaullieur, "Histoire et description de la Bibliothèque publique de Genève", Neuchâtel 1853, cote BGE Tba 3670, p. 19-20)
- en 1847, Etienne Chastel, bibliothécaire de la Bibliothèque Publique de 1845 à 1849, reclasse la correspondance des XVIe-XVIIIe siècles de la Compagnie avec les Eglises protestantes de France dans 15 grands portefeuilles in-folio sous le titre «Lettres et pièces diverses concernant les Eglises réformées. Mss français n° 197aa» (cf. Eusèbe-Henri Gaullieur, opus cité, p. 84-85 ; Auguste Bouvier, "Etienne Chastel. Mélanges historiques et religieux précédés d'une notice biographique", Paris-Genève 1888, cote BGE CPt 249, p. LXXIV-LXXV).
- en 1858, un nouveau classement chronologique semble avoir été opéré (cf. Bernard Gagnebin, "Le cabinet des manuscrits de la Bibliothèque de Genève", in Genava, nouvelle série, tome II, 1954, p. 112)
- en 1883, Théophile Dufour fut chargé de la dépouiller en vue du récolement général des manuscrits (cf. Bernard Gagnebin, "Le cabinet des manuscrits de la Bibliothèque de Genève", in Genava, nouvelle série, tome II, 1954, p. 47)
- en 1904, à l'occasion de la reliure des volumes aujourd'hui cotés Ms. fr. 401-444, le conservateur Léopold Micheli en modifia une dernière fois l'ordre (cf. les projets de distribution par volume dans son brouillon d'inventaire, Arch. BPU Fi 9).
Ces reclassements chronologiques ont en partie rompu le lien organique qui pouvait exister entre certains documents, dont la provenance n'est aujourd'hui plus visible.
La reliure actuelle des volumes date de 1904 : le conservateur Léopold Micheli, qui dressa alors un inventaire manuscrit détaillé de la Correspondance ecclésiatique (Arch. BPU Fe 8, p. 20), en fit restaurer certains documents et fit remplacer les porte-feuilles par une reliure.
La cotation actuelle (Ms. fr. 401 et suivants) ne date que de 1942. En 1847, Etienne Chastel avait attribué aux portefeuilles 15 numéros de portefeuille (197aa-I à 197aa-XV) suivis d'une lettre (197aa-Ia, 197aa-Ib, 197aa-Ic, etc). A la fin du XIXe siècle, les 41 unités de 197aa reçurent une cotation continue en chiffres romains de 197aa-I à 197aa-XLI. Dans les années 1930, Fernand Auber doubla les cotes Ms. fr.197aa d'une cote "Inv. + numéro courant" (qui fut ajoutée à l'encre rouge sur l'inventaire manuscrit de Leopold Micheli). En 1942, le conservateur des manuscrits Bernard Gagnebin supprima cette cote Inv. et la remplaça par la cote Ms. fr. 401-451. Les dons ultérieurs reçurent les cotes Ms. fr. 452 et suivantes.