L'inventaire original figure dans deux catalogues. Chaque ensemble a pour titre "Papiers Jean Senebier".
- Catalogue dactylographié 7, f. 1-7: Ms. suppl. 471-487, 1039-1044: inventaire établi par Léopold Micheli et Fernand Aubert (sans date), complété par l'index sur fiches des correspondants et la thèse de Mme Houta (voir bibliographie) pour l'identification de ces derniers.
- Catalogue dactylographié 4a, f. 9-10, 91: Ms. fr. 631-644, 1008-1012: inventaire établi par Bernard Gagnebin, Théophile et Alain Dufour (sans date).
Les données de ces instruments de recherche ont été entièrement ressaisies en XML, structurées selon les normes ISAD(G) et enrichies d'une indexation par Lucas Rappo en 2014.