Les Papiers de la famille Vaucher proviennent d'un ensemble de documents qui était aux mains de la famille Werner. Celui-ci comprenait des éléments provenant de plusieurs ensembles de papiers familiaux rassemblés par le biais d’héritages. On y trouvait essentiellement des archives relatives aux familles Werner, Bert, Vaucher et Gourd ainsi que quelques éléments relatifs à la famille Mestral qui passèrent certainement aux mains des Werner par le jeu des alliances familiales.
A l’occasion de ses recherches sur Jean-Pierre Etienne Vaucher, Patrick Bungener a identifié les documents relatifs à ce dernier au sein de cet ensemble et dressé en 2001 un inventaire très détaillé des cahiers de notes relatif à ses voyages et à la botanique. Ce travail a été effectué en accord avec la famille et M. Alfred Werner.
Les documents n'ont rejoint le département des manuscrits que par la suite en plusieurs versements successifs entre 2005 et 2012 (à l'exception d'une entrée relative à la famille Gourd remontant à 1999). Lors de leur réception, les documents ont été reconditionnés de façon sommaire avec une attention toute particulière pour les documents concernant Jean-Pierre Etienne Vaucher mentionnés par Patrick Bungenner.
Lors de la réalisation de l’inventaire en 2013, il a été décidé de séparer les documents propres à chaque famille (Vaucher, Bert, Werner, Gourd) et de réaliser un inventaire pour chacune d’entre elle afin de faciliter l’accès et la compréhension des documents. Les documents ont été intégralement reconditionnés dans le cadre de la réalisation de cet inventaire.
On notera qu’un ou deux documents présentés dans l’inventaire sont toujours aux mains de la famille. Cette situation est mentionnée dans la description des documents concernés.