Marlyse Pietri crée les Editions Zoé en 1975 à Genève avec Xavier Comtesse. Après le départ de ce dernier un an plus tard, deux associées et une conseillère la rejoignent : Arlette Avidor, Sabina Engel et Michèle Fleury. Inspirées par l'élan utopique des années 1968, les Editions Zoé fonctionnent alors comme un atelier du livre où toutes les tâches d'imprimerie et d'édition sont réunies sous un même toit.
En 1983, après le départ de ses associées et la vente de la machine offset, Marlyse Pietri continue seule à Carouge. Elle construit le catalogue en choisissant des écrivains littérairement engagés, défend livre après livre de Suisse romande, alémanique, italienne et romanche.
En 1992 elle parvient à établir un contrat de diffusion avec la maison Harmonia Mundi en France, ce qui lui permet de développer de nouvelles collections, l’une destinée aux écrivains d’autres continents, l’autre à de petits livres d’auteurs suisses, les MiniZoé. C’est le début d’un vaste travail en France.
Le 1er février 2011, avec près de 700 titres au catalogue, elle cède la direction des Editions Zoé à Caroline Coutau : "Au soir de ma vie d’éditrice, je suis ravie d’avoir une fille élective dans ma maison professionnelle". Cette dernière développe le catalogue sur la même ligne littéraire avec de nouvelles voix contemporaines, en français ou traduites, qu’elle fait vivre et traverser les frontières grâce à une équipe qui s’est étoffée.
En 2018, les Editions Zoé déménagent à Chêne-Bourg, cessent leur activité de distribution afin de se concentrer sur l'édition et sur leur activité de diffusion pour une vingtaine d'éditeurs.
Aujourd'hui, les Editions Zoé sont un éditeur de littératures suisses contemporaines et patrimoniales, et d'écrivains du monde entier dont le catalogue compte près de mille titres diffusés en France, en Belgique et au Canada. Son catalogue, qui a grandi sur près d'un demi-siècle se caractérise, comme l'écrit Caroline Coutau, par "une intense attention au presque rien et à l’ordinaire qui permet la nuance, l’alliage du sombre et du lumineux. Nos auteurs entretiennent un rapport organique entre l’écriture et leur imaginaire, ils déchiffrent le monde et nous éclairent sur sa complexité et ses paradoxes".
De nombreux prix et de prestigieuses distinctions ont récompensé l'activité des éditrices Marlyse Pietri et Caroline Coutau. En 2009, Matthias Zschokke reçoit le prix Femina étranger pour "Maurice à la poule", traduit par Patricia Zurcher. C’est la première fois qu’un grand prix français est décerné à un livre publié par une maison non française. En 2021, "Winter in Sokcho", la version anglaise du roman "Hiver à Sokcho" (traduction d'Aneesa Abbas Higgins) d’Elisa Shua Dusapin, reçoit le National Book Award, dans la catégorie "littérature traduite". C’est la première auteure suisse à recevoir ce prix.
