Historique de la conservation : "Le Journal intime, les oeuvres scientifiques, cours académiques et autres ouvrages inédits" remis en don à la Bibliothèque par Mademoiselle Marie-Françoise Mercier, dépositaire des manuscrits d'Amiel, et le Docteur Jules Guillermet, seul neveu survivant, représentant de la famille, suivant convention du 24 février 1917.
A teneur de l'article 4 de la dite convention, ces manuscrits "ne seront mis à la disposition du public qu'à dater du 1er janvier 1950". Jusqu'à cette date, ils seront renfermés dans un coffre qui ne pourra être ouvert qu'avec l'assentiment unanime de la Commission désignée, laquelle aura seule le droit d'en autoriser la consultation et la publication". Le délai fixé pour la mise à la disposition du public a été prolongé au 1er janvier 1981 par une convention additionnelle du 14 septembre 1938.
Henri-Frédéric Amiel est décédé le 11 mai 1881 sans avoir réglé par testament le sort de ses manuscrits. Suivant des "Instructions concernant mes papiers personnels" du 23 juillet 1874, Amiel exprimait le désir "que les deux caisses de correspondance soient remises à Mademoiselle Fanny Mercier" [...] et "que l'on trouve le moyen de faire une publication posthume de ce que je puis avoir écrit d'utile ou de bon". Le 23 juillet 1877, il invitait Mademoiselle Mercier à restituer ces manuscrits, après en avoir fait usage, aux enfants de ses soeurs et priait le dernier possesseur de "faire de ces manuscrits dépôt à la Bibliothèque". Enfin, le 22 avril 1881, Amiel rédigeait des instructions "à ne pas déposer au greffe", c'est-à-dire secrètes et confidentielles, dans lesquelles il déclare :
"Je lègue à Mademoiselle Fanny Mercier : 1) ma correspondance; 2) mon journal intime; 3) mes cours manuscrits; 4) mes souvenirs de jeunesse et d'étude. Mais après elle ces papiers feront retour à ma famille"
"Je lègue à Monsieur Charles Ritter : 1) mes notes scientifiques; 2) etc.
Bien que la clause prévoyant le retour à la famille fût juridiquement nulle (le Code civil excluant toute substitution testamentaire), Mademoiselle Fanny Mercier et les héritiers d'Amiel exécutèrent scrupuleusement ses volontés.
Une première édition de "Fragments d'un journal intime, précédés d'une étude par Edmond Schérer", parut en 2 volumes à Genève et Paris en 1883-1884. En 1923, Bernard Bouvier publia une "édition nouvelle, conforme au texte original, augmentée de fragments inédits et précédée d'une introduction" en 3 volumes. En 1927, il fit encore paraître "Philine, fragments inédits du Journal intime" avec une introduction d'Edmond Jaloux.
Les manuscrits d'Amiel furent remis à la Bibliothèque conjointement par Mademoiselle Mercier et Jules Guillermet (représentant de la famille) en 1917, à l'exception de la correspondance et des oeuvres poétiques dont Mademoiselle Mercier s'estimait propriétaire en vertu des instructions de 1874 et 1877. C'est pourquoi elle fit don de ces deux dernières catégories de manuscrits à Bernard Bouvier.
[catalogue dactylographié 9, f. 101-102]