Les cotes Mss heb. 1 à 12 ont été attribuées par le pasteur et bibliothécaire Jean Senebier dans les années 1776/1779, selon un classement thématique : Théologie et Philosophie. Les nouveaux manuscrits ont été enregistrés à la suite de la dernière cote attribuée, c’est-à-dire par ordre d’entrée.
L’ensemble des manuscrits hébreux (Mss heb.) peuvent être classés en neuf genres littéraires, un manuscrit pouvant parfois se ranger dans plusieurs genres à la fois, lorsqu’il renferme des unités textuelles diverses. Ils se répartissent dans les genres suivants : Biblique (Mss. heb. 1, heb. 2, heb. 3, heb. 4, heb. 5, heb. 6, heb. 7, heb. 15, heb. 17), Epistolaire (Ms. heb. 14), Ethique (Ms. heb. 10), Juridique (Mss. heb. 13, heb. 16), Lapidaire (Ms. heb. 9), Linguistique (Mss. heb. 11, heb. 12a, heb. 12b), Liturgique (Ms. heb. 8), Philosophique (Mss. heb. 9, heb. 10, heb. 12), Scientifique (Ms. heb. 10).
Les cotes des CL ont été attribuées par la Fondation de Comites Latentes
L’ensemble des manuscrits hébreux CL se compose de textes de type: Liturgique (CL 0, CL, CL 27, CL 59, CL 69, 105, CL 199), Biblique (CL 100, CL 146), Kabbalistique (CL 121, CL 145), Ethique et Juridique(CL 173, CL 278).