Manuscrits et archives privées

Indépendamment de la Commission permanente chargée de revoir les versions de la Bible, la Compagnie des pasteurs nomme les commissions spéciales suivantes (définies dans le règlement du 17 décembre 1852) : la Commission de la Vie religieuse, la Commission de littérature religieuse et théologique, la Commission des Intérêts protestants, la commission des rapports avec les Eglises étrangères, la commission des rapports avec les Sociétés religieuses genevoises et étrangères.
Elle réunit également des commissions dans des cas particuliers comme la commission de remariage des divorcés, la commission des VII ou encore la commission de musique sacrée.