La Bibliothèque, fondée avec le collège et l'Académie par Calvin en 1559, est placée sous la direction de la Vénérable Compagnie des pasteurs. C'est le Principal, un pasteur, qui fait office de Bibliothécaire jusqu'en 1702.
Au début du XVIIIe siècle, la Bibliothèque est réorganisée : la Compagnie des pasteurs perd son pouvoir absolu et sept directeurs sont nommés à la tête de l'institution: des représentants de l'Etat siègent désormais à côté de ceux de l'Eglise. Les directeurs se réunissent périodiquement pour parler des affaires de la Bibliothèque en compagnie de deux bibliothécaires - des pasteurs - qui assument le travail proprement dit.
Au XVIIIe siècle, la Bibliothèque se développe rapidement : des dons affluent, et elle devient le Musée de Genève avec sa Chambre des Curiosités. Abauzit, Baulacre, Senebier, Diodati, figurant parmi les savants les plus éminents de l'Académie, l'administrent avec soin.
De 1798 à 1814, Genève est annexée à la France; après ces années difficiles, la bibliothèque reprend un nouvel essor : elle modifie ses règlements, perd son caractère de Musée, s'ouvre plus largement au public et publie son premier catalogue imprimé (1834).
En 1847, la Bibliothèque devient une institution municipale. La Ville de Genève subvient désormais à ses besoins et en nomme les fonctionnaires : un directeur assisté d'employés de plus en plus nombreux.
Toujours abritée sous les toits du collège, la Bibliothèque manque de place et les locaux trop vétustes ne donnent plus satisfaction; aussi, en 1872, elle déménage dans les bâtiments des Bastions nouvellement construits.
Si la Bibliothèque a déjà pu s'intituler "publique" au XVIIe siècle, elle ne devient "universitaire" qu'en 1907, à la suite d'une convention conclue entre la Ville et l'Etat.
Françoise Pittard [Catalogue dactylographié 40a, f. 19]