Jacques-François, dit Francis Chaponnière, est né à Genève le 6 avril 1842, fils du banquier Jacques-Octave Chaponnière et de Jeanne-Susanne Aulanier. Après avoir accompli ses classes au Collège et à l'Académie, il obtint en 1867 la licence en théologie avec une thèse fort remarquée : "La question des confessions de foi au sein du protestantisme contemporain". Après sa consécration au saint ministère (1867), Francis Chaponnière voyagea à Paris, en Allemagne, en Italie, en Angleterre et en Ecosse, avant de se fixer définitivement à Genève en 1870.
De 1870 à 1879, il fut privat-docent à la Faculté de théologie, où il donna des cours d'exégèse du Nouveau Testament et de statistique religieuse. En 1880, il reprit la rédaction de "La Semaine religieuse de Genève", fonction qu'il assuma jusqu'en 1920. En 1909, l'Université de Genève lui décerna le grade de docteur en théologie "honoris causa".
Animateur de l'Union chrétienne des jeunes gens (UCJG), promoteur de l'Union nationale évangélique, il voua aussi un grand intérêt à la cause des missions. Il présida le comité genevois de la Société des Missions de Paris et contribua à la fondation de l'Union nationale évangélique (1871).
Outre sa thèse, il a publié en 1889 un volume intitulé "Pasteurs et laïques de l'Eglise de Genève au XIXe siècle", dans lequel il a réuni des nécrologies qu'il faisait paraître dans "La Semaine religieuse". Il a également rédigé une vingtaine d'articles dans l'"Encyclopédie des sciences religieuses" et quelques opuscules traduits de l'allemand ou de l'anglais.
En 1872, Francis épousa Marie-Elisabeth Haller, avec laquelle il eut un fils. Le théologien est décédé à Genève le 19 janvier 1924.
D'après Philippe M. Monnier, tiré du catalogue dactylographié 23 (1973)