L’activité de Dufour a laissé de nombreuses traces dans les archives publiques. Mais Dufour avait aussi, à son domicile, dans sa villa de Contamines, un important ensemble d’archives privées ainsi que des livres et des souvenirs. Ces documents ont été soigneusement conservés par ses descendants pendant près d’un siècle et demi, et déménagés au 8, rue des Granges vers 1920, dans l’appartement de la famille Reverdin. Le professeur Olivier Reverdin (1913-2000) recevait des groupes de visiteurs à son domicile, à la rue des Granges, pour leur montrer les manuscrits et quelques autres souvenirs de son aïeul. Il accueillait aussi des chercheurs, et beaucoup d'études citent ces archives privées.
Créée par Olivier Reverdin, la Fondation Archives Dufour a confié son patrimoine documentaire à la Bibliothèque de Genève en septembre 2014, dans le but d’en assurer la conservation à long terme et la mise en valeur.
Ce patrimoine se compose de trois ensembles, réunis sous la cote générique Bibliothèque de Genève, Fondation Archives Dufour :
1/ Les archives de Guillaume Henri Dufour proprement dites, réunissant des manuscrits autographes qui témoignent de son activité de savant, d’ingénieur, de topographe et de militaire, des correspondances autant familiales que professionnelles, ainsi que des recueils de documents importants illustrant sa carrière. Ces documents sont gérés par le Département des manuscrits et des archives privées.
2/ La bibliothèque de Dufour, qui reflète elle aussi la diversité de ses activités et de ses intérêts, qui s’étendaient à l’histoire et à la littérature. Elle est gérée par le Département du livre ancien et précieux. Une liste des ouvrages qui la composent est consultable à la BGE. Le catalogue n'est pas encore en ligne.
3/ De l’iconographie, des objets mémoriels et des souvenirs : en dehors des portraits de Dufour lui-même et de membres de sa famille, il faut mentionner le buste original de Guillaume Henri Dufour par Pradier, auquel s’ajoutent des décorations, des médailles et d’autres objets offerts à Dufour en hommage à ses réalisations, comme le sabre d’apparat offert par la Confédération en remerciement de son rôle dans la guerre du Sonderbund et la coupe en argent offerte en remerciement de sa carte de la Suisse; l'ensemble est complété d'une série d'œuvres à sujet napoléonien, souvenirs de la participation du futur général suisse aux guerres de l'Empire français. Ces documents sont gérés par le Centre d'iconographie genevoise et sont en cour d'inventaire (cig.bge@ville-ge.ch).
Entre novembre 2003 et le 17 juin 2008, une grande partie des archives Dufour a été numérisée en noir/blanc par la BGE à titre de copies de sécurité avec l'accord de la Fondation Archives Dufour.
