Henri Fazy (1842-1920) et Georges Fazy (1846-1924) étaient les dépositaires des archives de la famille Fazy. Henri utilisa ce matériau pour son étude « James Fazy, sa vie et son œuvre », parue en 1887.
Dans son testament, Georges Fazy instituait une fondation ayant pour but de conserver, accroitre et publier ces documents relatifs à l’histoire de Genève et aux membres de sa famille, plus particulièrement à James Fazy.
En 1932, après la mort de Mme Georges Fazy qui jouissait de l'usufruit des biens de son mari, les héritiers de Georges Fazy déposèrent à la Bibliothèque publique et universitaire (aujoud'hui Bibliothèque de Genève) livres et documents réunis par lui pour être mis à la disposition des chercheurs. Les portraits, bustes et tableaux furent remis à l’Institut national genevois créé par James Fazy en 1852. Avec l’aide financière de la Fondation Fazy, la BPU, en la personne de Frédéric Gardy, commença à classer les archives qui étaient conservées pêle-mêle : correspondances, papiers de famille, papiers d’affaires, manuscrits littéraires et historiques, autobiographies etc. De nombreux documents furent reliés en plusieurs volumes et portèrent les cotes "Fondation Fazy Ms." et "Fondation Fazy Corr.". En mars 1933, le directeur de la BPU avertit le notaire P. Carteret, représentant de la Fondation Fazy, que la correspondance adressée à James Fazy, soit environ 1500 lettres, a été classée dans l’ordre alphabétique.
Le traitement des archives de la famille Fazy fut par la suite interrompu. Il reprit en 2007 avec le classement des papiers de Georges et Henri Fazy par Paule Hochuli Dubuis. Shaul Ferrero poursuivit le classement de ces archives familiales et saisit l'inventaire selon les normes archivistiques EAD dans le langage XML en 2016 (Arch. Fazy 1-66). A la même période, Flavio Borda d'Agua entreprit le classement du solde des papiers James Fazy, finalisé par Paule Hochuli Dubuis en 2021 (Arch. Fazy 67-83).
Des archives Fazy non encore inventoriées avaient été consultées par l'historien genevois Marc Vuilleumier (1930-2021) en 2012. Il les avait classées sommairement dans des chemises portant un intitulé. Ce classement a été repris et complété par les archivistes qui ont coté ces archives Arch. Fazy 68-83. Marc Vuilleumier avait également complété l'inventaire existant (Corr. Fazy 8).
En raison du traitement de ces archives familiales sur plusieurs décennies, 3 cotes servent de référence pour ce fonds d'archives: d'une part les cotes Mss Fazy 1-16 et Corr. Fazy 1-13 pour les documents classés et reliés par la Fondation Fazy; d'autre part les cotes Arch. Fazy 1-102 pour les cotes des documents traités dans les années 2007-2022.
