- Cours univ. 214-215, 778, voir: catalogue dactylographié 42a.
- Ms. Compagnie des pasteurs 1032/1, f. 37, Gourd, Jean-Jacques. lettre autographe signée à un correspondant non identifié, Genève, 1894.
- Ms. fr. 1336, f. 312, Gourd, Jean-Jacques. Lettre ou carte autographe signée au président de la Société de Zofingue [Eugène Guye (?)], Genève, 1889.
- Ms. fr. 3835, f. 319-321, Gourd, J[ean-Jacques]. lettre autographe signée à Théophile Dufour, Pregny, 1897.
- Ms. fr. 4008, f. 150-152, Gourd, J[ean]-J[acques]. 1 lettre et 1 carte autographe signée à Edouard Claparède, Genève, 1903.
- Ms. fr. 4008, f. 321-324, Ruchet, [Marc]. 2 lettres autographes signées à J[ean] J[acques] Gourd, Berne, 1903.
- Ms. fr. 6620/1-2, Notes prises aux cours d'histoire de la philosophie de Jean-Jacques Gourd à l'Université de Genève au semestre d'hiver 1905-1906, et d'histoire des doctrines philosophiques au semestre d'hiver 1906-1907.
- Ms. fr. 7326, f. 16-17, Gourd, Jean-Jacques. lettre autographe signée à Paul Oltramare, Pregny, 1902.
- Ms. fr. 7835, f. 163-164, Gourd, Jean-Jacques. lettre autographe signée à Théodore Flournoy, Genève, 1900.
- Ms. fr. 8280-8289, Papiers de la famille Bert.
- Ms. var. 35, Rapport sur Les 3 dialectiques ouvrage de M. le professeur J.-J. Gourd, présenté aux Conférences Evangéliques - Libérales de Montpellier le 3 octobre 1899 par A. Bertrand, texte autographe, annoté de la main de J.-J. Gourd.
- Archives de la famille Werner (19e-20e siècles) : supplément 2018/27 (non catalogué).