Issu d'une famille protestante, Jean-Henri Merle d'Aubigné est né le 16 août 1794 à Genève. Fils d'Aimé Robert, horloger, et de Suzanne Marie Elisabeth Barbezat. Descendant par sa grand-mère paternelle d'Agrippa d' Aubigné, d'où son patronyme. Il épouse, en 1829, en premières noces, Marianne Brélaz, fille de Pierre-Nicolas, puis, en 1858, à Dublin, Françoise Charlotte Hardy, dite Fanny, fille de John. Après des études de théologie à Genève et la consécration en 1817, il est pasteur à Hambourg (1818-1823), puis à Bruxelles (prédicateur de l'Eglise protestante française-allemande et chapelain du roi Guillaume Ier, 1823-1831).
Appelé par la Société évangélique en formation, l'une des branches du Réveil genevois, Jean-Henri Merle d'Aubigné devient le recteur de son école de théologie et y enseigne l'histoire ecclésiastique (1832-1872). Auteur de nombreuses brochures et d'une monumentale "Histoire de la Réformation" (5 vol. 1835-1853, puis 8 vol. 1863-1878), promoteur de l'Alliance évangélique, il exerce sur le protestantisme une influence profonde. En juin 1859, lors de l'assemblée annuelle de la Société évangélique, Jean-Henri Merle d'Aubigné lance un appel qui entraîne la création d'un comité pour les blessés de Solferino, précurseur de celui de la Croix-Rouge. Il est décédé le 21 octobre 1872.
[D'après Gabriel Mützenberg, "Merle, Jean-Henri (d'Aubigné)", in Dictionnaire historique de la Suisse (DHS), url: http://www.hls-dhs-dss.ch/textes/f/F11272.php, version du 07/01/2010]