Ernest Naville naît à Chancy le 13 décembre 1816. Il est élevé et éduqué à l'Institut de Vernier fondé par son père François-Marc-Louis Naville qui y appliquait les principes du Père Girard.
Après son baccalauréat, il entreprend à Genève des études de théologie et obtient sa licence en 1839. Il accepte alors un poste de professeur dans une école protestante française à Florence pour la durée d'une année scolaire. Il est consacré en 1840.
Rentré à Genève, il épouse Albertine Picot en novembre 1840. Les premières années de sa vie professionnelle sont consacrées à l'enseignement. Il dirige de 1843 à 1849 l'Ecole de Saint Gervais. De 1844 à 1848, il enseigne l'histoire de la philosophie à l'Académie. Il est destitué par les radicaux cette année-là. A partir de 1846 et pendant douze ans, il va consacrer une grande partie de son temps à l'édition d'oeuvres inédites du philosophe français Maine de Biran. En 1859, il publie avec la collaboration de Marc Debrit "Oeuvres inédites de Maine de Biran" (Paris : Dezobry E. Magdeleine). Devenu professeur d'apologétique en 1860, il quitte son poste l'année suivante en protestation de l'ingérence des autorités politiques dans le milieu académique.
A ces activités de professorat et de recherche, s'ajoute à partir de 1859 celle de conférencier. Les sept discours qu'Ernest Naville prononce sur "La vie éternelle" (Paris : Dezobry Fd Tandou, 1861) sont un véritable événement religieux et littéraire. En 1863, il donne une deuxième série de conférences sur "Le père céleste" (Genève : J. Cherbuliez, 1865). En 1867, sept conférences sur "Le problème du mal" (Genève, 1868), et en 1877, sept discours sur "Le Christ" (Genève : A. Cherbuliez, 1878).
Ces grandes séries de conférences font d'Ernest Naville une célébrité de son époque et lui attirent une correspondance considérable. Ernest Naville, qui s'était toujours intéressé à la politique, se fait le défenseur de la liberté religieuse et de la liberté de l'enseignement. A partir de 1864, à la suite du scandale des élections genevoises, il se met à étudier la question de la réforme électorale et travaille à faire admettre le système de la représentation proportionnelle.
En philosophie, son oeuvre écrite est importante. Il défend le spiritualisme. Il publie en 1880 "La logique de l'hypothèse" (Paris : Libr. G. Baillière). En 1890, "Le libre arbitre" (Paris : Libr. Fischbacher), en 1900 "Les philosophies négatives" (Paris : F. Alcan) pour ne citer que quelques-uns de ses ouvrages les plus connus.
Il se fit également connaître comme conférencier et apologiste du christianisme. Naville fut aussi un ardent défenseur de la réforme électorale. Il fonda le 15 janvier 1865 l'Association La Réformiste dans le but de soutenir le principe de la représentation proportionnelle .
Ernest Naville est mort le 27 mai 1909 après une longue carrière très diverse - quoique très unifiée - de pédagogue, d'apologète, de philosophe et d'homme d'action.
Annick Ehrenström, catalogue dactylographié 26 (1981), f. 1 et complété par R. Francillon, "Naville, Ernest", in Dictionnaire historique de la Suisse (DHS) url: http://www.hls-dhs-dss.ch/textes/f/F15953.php, version du 30/12/2008. (Avec corrections et ajouts de Lucas Rappo en 2014).
