Ce fonds d'archives a été déposé à la Bibliothèque de Genève en 1961. Il est entré avec une liste constituée de 94 objets numérotés en continu de 1 à 94.
En 1994, l'archiviste de la SPHN, J.M. Pictet, rédige un nouvel inventaire avec l'intention de maintenir les numéros du système d'origine, en attribuant des numéros avec des indices a, b, etc. aux objets intercalés.
Le classement de 1994 est subdivisé en quatre parties : la première, la deuxième et la quatrième suivent un ordre chronologique "comme il est d'usage" ; la troisième partie suit un ordre thématique "destiné à faciliter des recherches récapitulatives [...]"
L'inventaire de 1994 décrit le fonds de manière détaillée, notamment avec l'ajout d'annexes descriptives très complètes pour certains dossiers, mais le classement pose de nombreux problèmes d'un point de vue archivistique : le système principalement chronologique a pour conséquence de disperser des ensembles cohérents et appartenant à un même contexte de création : statuts et règlements, membres, registres des séances, correspondance, etc. Par ailleurs, nous avons également constaté des incohérences pour certaines cotes avec une non correspondance entre la cote d'inventaire et la cote inscrite sur le document, ou encore une confusion entre la cote d'origine et la cote de 1994, ce qui rend particulièrement difficile l'identification et le repérage de certains documents. À cela viennent s'ajouter des intitulés de documents ou de dossiers qui parfois manquent de clarté.
Pour ces raisons et à la faveur d'un reconditionnement complet du fonds, il a été décidé, exceptionnellement, de le reclasser et de le recoter. Cela nous a paru nécessaire pour résoudre toutes les confusions inhérentes à un double classement qui se chevauche et pour faciliter l'identification des documents ainsi que la compréhension du contenu du fonds.
Afin d'éviter toute confusion supplémentaire et distinguer clairement ce nouveau classement des deux précédents, la nouvelle cote attribuée est SPHN et non plus SP. Elle est suivie d'un numéro par document ou dossier. Les anciennes cotes sont renseignées pour chaque document ou dossier dans la zone "Historique de la conservation" et également sur les documents eux-mêmes.
La cote d'origine, étant citée en reférence entre autres dans une étude de René Sigrist incontournable pour l'histoire de la SPHN, nous l'avons également inscrite, entre crochets, dans la zone "Cote" à la suite de la nouvelle cote, pour en faciliter le repérage.
La cote d'origine SP 19 se répète et est liée à plusieurs dossiers distincts ; il semblerait que ce numéro fut attribué à un carton contenant les différents dossiers en question.
Les documents portant les cotes d'origine citées ci-après n'ont pas pu être identifiés ; ils ont probablement été redistribués et recotés lors du classement de 1994 : SP 76, 83, 86, 87 et 91.