Jacob Vernes est, fils de Jean Georges, négociant, et de Françoise Marguerite Marin. Il épouse en premières noces, en 1759, Marie-Françoise Clarenc, fille de Daniel, Française, en secondes noces, en 1764, Marie-Anne Simonde, fille de François, capitaine au service de France, et enfin en troisièmes noces en 1775 Jeanne-Rosalie Fenou, fille de Jacques, Française.
Après des études de théologie à Genève (1747-1751), Jacob Vernes, pasteur, est consacré ministre en 1752 et après avoir voyagé en France, Hollande et Angleterre (1752-1755), il officie à Céligny (1761-1768), à Saconnex (1768) et à Genève, dans la paroisse de Saint-Gervais dès 1770.
Membre des Représentants, Vernes fut déposé et exilé en 1782 en raison de ses opinions politiques. Il se fixa à Constance où il fut pasteur d'une colonie de représentants genevois. Après l'amnistie de 1790, il rentra à Genève.
Outre des ouvrages théologiques, il publie une revue ("Choix littéraire") et un roman ("La Confidence philosophique", 1776). Parmi ses nombreux correspondants figurent Voltaire et Rousseau; son amitié avec ce dernier se détériora dès 1762 ("Lettres sur le christianisme de Mr. J.J. Rousseau, adressées à Mr. I.L.", 1763).
[D'après Maria-Cristina Pitassi, "Vernes, Jacob", in Dictionnaire historique de la Suisse (DHS), url: http://www.hls-dhs-dss.ch/textes/f/F11335.php, version du 02/09/2011]