Fils de Louis James Choisy, pasteur, et de Louise Constance Picot, (Jacques-) Eugène naît à Genève le 25 février 1866. Il est le frère d'Albert. En première noce, il épouse Augusta Vernet, fille d'Edmond, banquier à Lyon et consul de Suisse. En seconde noce, il épouse Mary-Anne Vernet, sœur aînée de la précédente.
Eugène Choisy étudie la théologie à Genève, Montauban et Berlin et obtient le doctorat en théologie en 1902. Consacré, il est pasteur de l'Eglise huguenote de Cantorbéry (1889-1890) et de Plainpalais (Genève, 1891-1910).
Choisy devient professeur d'histoire ecclésiastique à l'université de Genève (1909-1939). Il fonde le Musée historique de la Réformation (1897) et l'Institut des ministères féminins (1918). Il est membre de la Constituante (1908), du Consistoire et de la Commission exécutive de l'Eglise nationale protestante (1924). Il participe aux débuts du mouvement œcuménique et préside la Fédération des Eglises protestantes de la Suisse (1930-1941). Il est docteur honoris causa des universités d'Edimbourg et de Debrecen (Hongrie).
Eugène Choisy décède à Genève le 13 avril 1949.
[d'après Olivier Fatio, "Eugène Choisy", in Dictionnaire historique de la Suisse (DHS), url: http://www.hls-dhs-dss.ch/textes/f/F9039.php, version du 30/12/2003]