Les archives de l'Eglise nationale protestante de Genève antérieures à la séparation de l'Eglise et l'Etat (1908) ont été transférées soit aux Archives d'Etat de Genève à partir de 1937, soit à la Bibliothèque publique et universitaire de Genève (BPU) en 1951.
Dans une lettre datée du 19 février 1937 adressée à Edmond Rochedieu, archiviste-bibliothécaire de la Compagnie des pasteurs, l'archiviste d'Etat Paul Edmond Martin désire favoriser la recherche historique sur l'Eglise protestante de Genève en prévoyant le dépôt des archives de la Compagnie aux Archives d'Etat, soit les registres du Consistoire jusqu'en 1798, époque où le Consistoire a exercé la police disciplinaire, et les registres de la Compagnie des pasteurs, jusqu'en 1834, où s'arrête sa compétence en matière d'instruction publique.
La convention entre l'Église nationale protestante de Genève et l'Etat de Genève sur le dépôt des registres du Consistoires et des registres de la Compagnie des pasteurs aux Archives d'Etat est signée le 25 juin 1937 et ratifiée par le Conseil d’Etat le 8 juillet 1937.
Dans le courant de l'hiver 1951, pour éviter "l'entassement dans le même lieu de documents qui se recoupent", les Archives d'Etat, d'entente avec la Compagnie des pasteurs, remettent en dépôt à la BPU les minutes des registres du Consistoire et de la Compagnie des pasteurs (voir Ms. Comp. past. 1130/3, f. 13 et Ms. Comp. past. 1130/7, f. 1-2).
Quelques mois auparavant, en automne 1950, la Compagnie des pasteurs avait déjà déposé à la BPU des papiers personnels des pasteurs, des sermons et cours des pasteurs et professeurs de théologie, les procès-verbaux des sociétés de théologie du 19e siècle, quelques volumes de controverses et la correspondance fragmentaire de la Compagnie au XVIIIe siècle (entrée 1950/013). Ce dépôt est transformé en don dans l'assemblée générale de la Compagnie le 18 mai 1951 (voir Ms. Comp. past. 1130/7, f. 1).
La Bibliothèque publique et universitaire conservait déjà depuis longtemps la correspondance de Calvin, de Théodore de Bèze et d'autres réformateurs (Mss lat, 106-121), d'autres lettres de pasteurs antérieures au XVIIIe siècle, inventoriées au début du XXe siècle par Léopold Micheli et conservées sous l'intitulé "Correspondance ecclésiastique" (BGE Mss fr. 401-480), ainsi que des sermons de Calvin entrés à la Bibliothèque publique au XVIIe siècle (Mss.fr. 16-2640c).
Le 20 juillet 1958, une convention de dépôt est signée entre la BPU représentée par son directeur Auguste Bouvier et la Compagnie des pasteurs représentée par son modérateur Jean Audéoud et son bibliothécaire-archiviste Edmond Rochedieu. Les livres et les brochures de la Compagnie seront conservés à la BPU qui en assurera la garde et l'administration. Ce dépôt est transformé en don en 2010.
(Sur l'historique du transfert des archives de la Compagnie des pasteurs aux Archives d'Etat et à la Bibliothèque publique et universitaire, voir Ms. Comp. des pasteurs 1130/2-10)