A son arrivée, l’ensemble était globalement bien structuré et les principales séries (Cours et séminaires, Manuscrits, Dossiers, Correspondance) apparaissaient clairement au premier regard. L'organisation générale du fonds a donc été conservée telle qu’elle avait été élaborée par Armand Borel.
A l'exception d'une partie de la correspondance, les documents ont été passés en revue en collaboration avec MM. André Haefliger et Pierre de la Harpe, professeurs à la Section de mathématique de l’Université de Genève.
A l’intérieur des séries, les documents étaient conservés dans des dossiers suspendus. Dans un certain nombre de cas, l’étiquette placée sur le dossier par Armand Borel était suffisamment précise pour permettre l’identification des documents, leur classement et l’entrée d’un titre dans l’inventaire. Toutefois, cette information était parfois absente, parfois trop vague et, dans un certain nombre de cas, la quantité des documents présente dans le dossier rendait souhaitable un classement plus détaillé que celui proposé à l'origine. Dans ce genre de cas, l’aide de MM. André Haefliger et Pierre de la Harpe s’est avérée indispensable pour identifier, classer, rassembler et donner un titre aux éléments dont le sujet et l’organisation était moins apparents au premier abord.
Les séries « Papiers personnels » et « Dossiers » présentent toutefois d’importantes distorsions par rapport à leur état d’origine. L’ensemble « Papiers personnels » a été créé artificiellement pour y placer quelques documents dont la place était plus incertaine. La série « Dossiers » a quant à elle été séparée en deux ensembles au cours des opérations de transfert du fonds entre l’Institute for Advanced Study et la Bibliothèque de Genève. L’état de conservation d’une des parties s’est alors sensiblement détérioré suite à de mauvaises conditions climatiques lors du transport. Pour des raisons de conservation, il a été décidé de ne pas reconstituer la série d'origine en y réintégrant les documents concernés. L’ensemble, qui formait au départ une série unique, est donc présenté en deux séries séparées : "Dossier" et "Dossier bis".
Hormis l’élimination des dossiers suspendus, les destructions de documents ont été presque inexistantes. Seuls quelques doubles ou enveloppes vides ont été éliminés. Un exemplaire des dossiers suspendus a cependant été conservé à titre d’illustration (voir Ms. fr. 8094/12).
Quelques éléments complémentaires, notamment des articles et des nécrologies fournis par MM. André Haefliger et Pierre de la Harpe, ont été intégrés au fonds. L'indication de l'insertion de ces documents a posteriori figure à la fois sur les documents concernés et dans l'inventaire.
Le format de dates utilisé par Armand Borel nous a posé problème. Du fait de ses nombreux interlocuteurs au niveau international, Armand Borel utilisait tantôt le format de date européen (jour/mois/date) tantôt le format anglo-saxon (mois/jour/année). Son habitude était d’utiliser en général le format européen lorsqu’il écrivait à un interlocuteur en Europe et le format anglo-saxon pour le reste du monde. Toutefois, il lui arrivait aussi de faire quelques exceptions à cette règle. Dans les cas incertains, nous avons essayé d’extrapoler le format de date en fonction du texte et d'autres informations à notre disposition (passage en Asie et en Inde plutôt en hiver, en Europe plutôt durant l’été…). Nous rendons cependant le lecteur attentif au fait qu’il peut y avoir des inversions « jour / mois » au niveau des dates proposées.
Enfin, certaines formulations mathématiques nous ont posé un problème du fait des limites d’affichages de nos outils de travail. Par conséquent, nous avons recouru aux annotations « ^ » pour indiquer un exposant et « _ » pour indiquer un indice.
