Les papiers de Théodore Agrippa d'Aubigné font partie de la collection Tronchin (Arch. Tronchin 1-393). Ils portent les cotes Arch. Tronchin 141 à 163.
Les papiers de la collection Tronchin ont été rassemblés essentiellement par deux personnalités genevoises du XVIIe siècle, Théodore Tronchin et son fils Louis.
Théodore Tronchin naquit à Genève en 1582. Son père, Rémi Tronchin (1539-1609), originaire de Provence, fut reçu bourgeois de Genève le 8 décembre 1579 et accéda au Conseil des Deux Cents en 1590. C'est Théodore de Bèze qui tint le jeune Théodore, son filleul, sur les fonds baptismaux. Après des études en théologie, Théodore voyagea à travers l'Europe, suivant des cours universitaires à Bâle, Heidelberg, Francfort ou encore Leyde, poursuivant ses pérégrinations en Angleterre puis en France. De retour à Genève, il occupa la chaire d'hébreu (1606), la place de recteur de l'Académie de 1610 à 1615 puis, à partir de cette date, celle de professeur de théologie. Député de Genève au synode de Dordrecht en 1618, il y défendit avec Jean Diodati l'orthodoxie calviniste. A la demande des autorités genevoises, il exerça pendant six mois son ministère auprès du duc Henri de Rohan, chef des troupes françaises aux Grisons (1632). Chef incontestable, avec Diodati, de l'Eglise genevoise,Théodore Tronchin correspondit avec les Eglises réformées amies, avec des théologiens suisses et étrangers, des princes ou leurs ambassadeurs.
Le 21 juin 1607, il épousa Théodora Rocca, la fille de Jean-Baptiste Rocca et d'Anne Taruffo. On l'appelait alors Mademoiselle de Bèze car le célèbre réformateur l'avait adoptée. Théodora Rocca était également la petite-fille de la seconde épouse de Théodore de Bèze, Catherine Plan (del Piano).
Au décès de Catherine Plan (1616), alors veuve de Théodore de Bèze, Théodore Tronchin hérita des papiers du grand théologien par l'intermédiaire de son épouse, Théodora Rocca. Ces papiers sont le noyau de la collection Tronchin. S'y ajoutèrent rapidement les papiers de Théodore Agrippa d'Aubigné.
En effet, dans son testament, Théodore Agrippa d'Aubigné léguait ses papiers à son fils naturel Nathan et à son ami le pasteur Théodore Tronchin. Après son décès le 30 avril 1630, ses papiers furent conservés par sa veuve, Renée Burlamaqui, qui les remit à Tronchin le 27 février 1633 (voir Arch. Tronchin 153, f.1). Théodore Tronchin mourut en 1657.
Antoine Tronchin (1664-1730), fils de Louis et petit-fils de Théodore Tronchin, docteur en droit, membre du Conseil des Deux Cent, auditeur, châtelain de Jussy, syndic, lieutenant et premier syndic en 1723, apporta quelques ajouts à la collection, principalement de la correspondance.
Les papiers de la collection Tronchin ont été classés et réunis en volume par le conseiller François Tronchin (1704-1798), fils d'Antoine, ainsi qu'en témoignent les titres et les résumés qui figurent fréquemment sur les feuillets de garde et qui sont de sa main. Il a dressé un "Catalogue de mes livres et manuscrits de famille et autres", indiquant l’état de la collection en octobre 1796 ( Arch. Tronchin 391).
