Si Théophile Dufour a reçu une très vaste correspondance et s’il s’est intéressé aux imprimeurs genevois et à l’histoire de Genève, il a porté un intérêt particulier à Jean-Jacques Rousseau et une grande partie de sa vie est consacrée à la recherche et à l’étude de notre écrivain genevois.
Lorsque la mort le surprend en 1922, il n’a pas eu le temps de publier la correspondance de Jean-Jacques Rousseau. Sa fille, Hélène Dufour (Noëlle Roger selon son nom de plume) décide alors de poursuivre l’œuvre de son père et de publier les notes de Théophile Dufour concernant Rousseau.
Cette publication donne lieu à un conflit avec Alexis François. Les documents concernant cette affaire sont conservés dans les Papiers de Noëlle Roger (Ms. fr. 7793).
Il est vrai aussi, que de son côté, Noëlle Roger s’est toujours passionnée pour Rousseau. Un de ses romans ne porte-t-il pas le titre "Jean-Jacques, le promeneur solitaire ?" et n’a-t-elle par appelé son fils Jean-Jacques ?
Une collection de livres de et sur Rousseau, ainsi que tous les manuscrits de Théophile Dufour concernant de près ou de loin Rousseau auxquels se sont ajoutés les manuscrits et notes de Noëlle Roger ont été conservés dans une vaste armoire de la maison familiale.
Ce n’est qu’en 2005 que ces manuscrits sont entrés à la Bibliothèque de Genève (BGE), remis par Alain et Jean-Claude Pittard ainsi que Claire Pittard et Danielle Dedie.
En juin 2009, le Département des imprimés anciens de la BGE a acquis auprès d'un libraire lausannois une importante partie de la bibliothèque rousseauiste de Théophile Dufour, premier bibliographe des oeuvres de Rousseau, soit quelque 170 titres annotés de la main de Théophile Dufour. La moitié sont des éditions de Rousseau, l’autre moitié porte sur lui.
